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Grupo de Biología molecular



Etapas de interacción molecular en una proteína

luis arturo
Licenciatura en biología general. ms...
Escrito por Luis Arturo Ayarza Aguirre.
el 25/11/2009

Interesante saber cópmo las proteínas pueden interactuar con diversos cofactores : comentemos amenament sobre ellos y cómo interactúan en los cambios de conformación.

Cynthia Gabriela
Bioquímica facultad de bioquímica, quí...
Escrito por Cynthia Gabriela
el 21/02/2010

Hola, simplemente para aportar un poco de información. Las proteínas enzimáticas simples solo requieren para su actividad una estructura catenaria de aminoácidos, pero hay muchas que necesitan de estructuras extras para su funcionalidad, estas son complejas, tienen una parte proteica (formada por aminoácidos) llamada Apoenzima o Apoproteína (forma inactiva de la proteína) , y una parte no proteica, los cofactores. Los cofactores pueden ser compuestos inorgánicos, como los iones inorgánicos (Zn+, Mg++, ect) y las coenzimas, como moléculas orgánicas (NAD+, FAD, grupos Hemos, ect). Cuando se encuentran unidas la Apoenzima y el cofactor o coenzima se llaman Holoenzima (forma activa proteica), la unión generalmente es no covalente entre la enzima y su coenzima, pero cuando se unen covalentemente, se llama grupo prostético.

Las vitaminas suelen ser coenzimas o precursores de coenzimas, ejemplos de las más importantes son:

Vitamina C (Ácido Ascórbico) : es cofactor de algunas peptidasas, interviene en la síntesis del colágeno), y su carencia provoca la enfermedad Escorbuto.

Vitamina B 1 (Tiamina) : coenzima de las descaboxilasas y de las enzimas que transfieren grupos aldehídos, y su carencia provoca la enfermedad Beriberi.

Vitamina B 2 (Riboflavina) : son constituyentes de las coenzimas FAD y FMN , su carencia provoca Dermatitis y lesiones en los músculos.

Vitamina B 5 (Ácido Pantoténico) : constituyente de la coenzima A, su falta provoca fatiga.

Vitamina PP (Niacina) : constituyente de las coenzimas NAD y NADP, su falta genera Pelagra.

Vitamina B 6 (Piridoxina) : interviene en las reacciones de transferencia de grupos aminos, la falta del mismo genera Depresión, Anemia.

Vitamina B 12 (Cobalamina) : es una coenzima en la transferencia de grupos metilos, su falta provoca Anemia Perniciosa.

Vitamina H (Biotina) : es una coenzima de las enzimas que transfieren grupos carboxilos, en el metabolismo de los aminoácidos, su carencia provoca Fatiga, Dermatitis.

Estaría bueno que alguien de información en el debate sobre la la interacción molecular, cambios en la conformación, ya que es un tema muy interesante.

Hasta luego.



Luis Arturo Ayarza Aguirre
Lic en biologia, msc bioquimic univer...
Escrito por Luis Arturo Ayarza Aguirre
el 18/03/2010

La proteína es un conjunto de aminoácidos que están uniodso por radicales llamados enlaces polipéptidos. Los alerones lateralesa pueden unirse a otras molé3culas por medio de interacciones moleculares , puentes de disulfuro, o bien las fuerzas de Van der Walls.

Luis Arturo Ayarza Aguirre
Lic en biologia, msc bioquimic univer...
Escrito por Luis Arturo Ayarza Aguirre
el 18/03/2010

Interacciones proteína-proteína se refiere a la asociación de proteínas y el estudio de esas asociaciones desde las perspectivas de la Bioquímica , transducción de señales y redes de interacción de proteínas.

Las interacciones entre proteínas son importantes en muchos procesos biológicos. Por ejemplo, las interacciones proteína-proteína de las moléculas de señalización median el paso al interior de la célula señales procedentes del exterior. Este proceso, llamado «Transducción de señales», juega un papel fundamental en muchos procesos biológicos y enfermedades (p. Ej. El cáncer ). Las proteínas pueden interactuar durante mucho tiempo para formar parte de un complejo proteínico ; o pueden transportar a otra proteína (por ejemplo, desde el citoplasma al núcleo o viceversa en el caso de las importinas de los poros nucleares), o pueden interactuar brevemente con otra proteína para modificarla (por ejemplo, una proteína kinasa puede fosforilar a una proteína objetivo). Esta modificación de proteínas puede cambiar por sí misma la interacción protéica. Por ejemplo, algunas proteínas con dominios SH2 sólo se unen a proteínas cuando están fosforiladas en el aminoácido tirosina . En definitiva, las interacciones proteína-proteína tienen una importancia capital en prácticamente todos los procesos en una célula viva. La información acerca de esas interacciones mejora nuestro conocimiento sobre las enfermedades y puede proporcionar las bases para nuevos enfoques de los tratamientos terapéuticos.

Entender la forma como interactuan las proteínas y enzimas es un area muy importante a investigar en la bioquímica y en la biología celular. En base a esto nuevas areas de investigación especializada en el tema han surgido, el estudio del Interactoma viene a responder las preguntar que se plantean científicos luego de estudiar genomas y proteomas . En otras palabras, el genoma nos indica las posibles proteínas que puede sintetizar un organismo en particular, el proteoma determina las proteínas que son expresadas en un momento en particular bajo condiciones establecidas y el interactoma como interactuan las proteínas para otorgar funcionalidad y sincronización de los múltiples procesos de la célula estudiada.

Naturaleza de las interacciones :

Al igual que en el plegamiento de las proteínas las fuerzas que dominan entre las subunidades de todo complejo proteico son las interacciones hidrofóbicas , Fuerzas de van der Waals , puentes de hidrógeno y fuerzas iónicas entre las cadenas laterales de los aminoácidos que conforman cada proteína.

Anexos de Wikipedia.

Luis Arturo Ayarza Aguirre
Lic en biologia, msc bioquimic univer...
Escrito por Luis Arturo Ayarza Aguirre
el 18/03/2010
Métodos para investigar las interacciones proteína-proteína [ Editar ]

Debido a que las interacciones proteícas son tan importantes, existe una multitud de métodos para detectarlas. Cada uno de los enfoques tiene sus propios pros y contras, especialmente en cuanto a la sensibilidad y especificidad del método. Una gran sensibilidad significa que muchas de las interacciones que ocurren en realidad son detectadas por el método, mientras que una gran especificidad indica que la mayoría de las interacciones detectadas ocurren realmente (pocos falsos-positivos)

  • Coinmunoprecipitación: es considerado el mejor ensayo para detectar las interacciones proteína-proteína, especialmente cuando se realiza con proteínas endógenas (ni sobreexpresadas ni marcadas). La proteína de interés se aisla con un anticuerpo específico. Las moléculas que interaccionan con la proteína se identifican posteriormente mediante un western blot .
  • Ensayo de doble híbrido en levadura : investiga la interacción entre proteínas de fusión artificiales en el interior del núcleo de una levadura. Este método puede identificar moléculas que se unen a una proteína dada de forma inequívoca. No obstante, este método tiene una considerable tasa de falsos-positivos, lo que hace necesario verificar las interaciones identificadas mediante un ensayo de coinmunoprecipitación.
  • Tandem affinity purification (TAP): detecta interacciones en el ambiente celular real (ej. En el citosol de una célula de mamífero)(Rigaut et al. , 1999). Esto supone una gran ventaja comparado con el ensayo de doble híbrido. Una desventaja importante es que la purificación de proteínas se realiza mediante dos lavados, de forma que no puede detectar interacciones proteína-proteína transitorias.
  • Inmunoprecipitación cuantitativa combinada con knok-out (QUICK - Quantitative Inmunoprecipitation Combined with Knock-out): se basa en la coinmunoprecipitación, la espectrometría de masa cuantitativa (SILAC) y la interferencia de ARN (RNA interference - RNAi). Este método detecta interacción entre proteínas endógenas sin marcar (Selbach and Mann, 2006), de modo que tiene la misma fiabilidad que la coinmunoprecipitación, aunque depende también de la disponibilidad de anticuerpos adecuados.
  • Dual Polarisation Interferometry (DPI): puede usarse para medir interacciones proteína-proteína. DPI proporciona medidas de tamaño molecular, densidad y masa, en tiempo real y con alta resolución.

Geles Nativos Blue Native (BN-PAGE): esta metodología se basa en la migración de los complejos protéicos en geles de poliacrilamida en base a su peso molecular. Dado que la migración también está definida por la carga, se utiliza como buffer catódico una solución que contiene azul de coomassie, el cual otorga carga negativa neta a las proteínas sin desnaturar ni romper sus interacciones con otras proteínas. Una segunda dimensión desnaturante en geles SDS-PAGE permite separar las manchas (spots) e identificar posteriormente la identidad de las subunidades componentes del complejo mediante espectrometría de masa

Luis Arturo Ayarza Aguirre
Lic en biologia, msc bioquimic univer...
Escrito por Luis Arturo Ayarza Aguirre
el 18/03/2010

BASE DE DATOS VIRTUAL PARA CONECTARSE AL ESTUDIO DE LAS PROTEÍNAS :

Bases de Datos de interacciones entre proteínas :
Luis Arturo Ayarza Aguirre
Lic en biologia, msc bioquimic univer...
Escrito por Luis Arturo Ayarza Aguirre
el 18/03/2010
Redes de interacción proteína-proteína :

La creación de herramientas visuales para representar las redes de interacciones entre proteínas es una aplicación popular de la informática gráfica. A pesar de que los diagramas de interacción proteícos son habituales en los libros de textos , los diagramas que representan por completo la red de interacción entre proteínas no son tan comunes debido a su complejidad. El mapa del control del ciclo celular de Kurt Kohn (1999) es un ejemplo de una red de interacción molecular hecha a mano Mol Biol Cell. 1999 . Sobre el mapa de Kohn, Schwikowski, Uetz, and Fields (2000) publicaron un artículo sobre las interacciones proteína-proteína en levadura, combinando 1548 proteínas determinadas mediante Two hybrid , usando un force-directed (Sugiyama) graph drawing algorithm para generar de forma automática una imagen de la red. Nature 2000 . Desde entonces, se han desarrollado otros sistemas para automatizar la creación de redes de interacción entre proteínas, incluyendo:

  • Osprey
  • VisANT
  • NAViGaTOR
  • Cytoscape es una herramienta informática de código abierto para crear gráficos sobre interacciones moleculares e integrarlas con perfiles de expresión de genes y otros datos
  • yEd es un potente editor gráfico. Se puede utilizar para construir gráficos y aplicar automáticamente diseños para varios tipos de diagramas y redes.
  • NetPro

Muchas de las bases de datos, sobre interacciones entre proteínas mostradas arriba, contienen herramientas de visualización para ayudar al usuario a manejar los datos.

Cynthia Gabriela
Bioquímica facultad de bioquímica, quí...
Escrito por Cynthia Gabriela
el 19/03/2010

Muy interesante tus aportes, son de gran importancia para el estudio molecular de las interacciones proteicas.

Saludos.

Grace Nuñez
Chiriqui, Panamá
Escrito por Grace Nuñez
el 15/06/2010


Tambien es de importancia saber que :las interacciones entre proteínas son importantes en muchos procesos biológicos. Por ejemplo, las interacciones proteína-proteína de las moléculas de señalización median el paso al interior de la célula señales procedentes del exterior. Este proceso, llamado «Transducción de señales», juega un papel fundamental en muchos procesos biológicos y enfermedades (p. Ej. El cáncer ). Las proteínas pueden interactuar durante mucho tiempo para formar parte de un complejo proteínico ; o pueden transportar a otra proteína (por ejemplo, desde el citoplasma al núcleo o viceversa en el caso de las importinas de los poros nucleares), o pueden interactuar brevemente con otra proteína para modificarla (por ejemplo, una proteína kinasa puede fosforilar a una proteína objetivo). Esta modificación de proteínas puede cambiar por sí misma la interacción proteica. Por ejemplo, algunas proteínas con dominios SH2 sólo se unen a proteínas cuando están fosforiladas en el aminoácido tirosina . En definitiva, las interacciones proteína-proteína tienen una importancia capital en prácticamente todos los procesos en una célula viva. La información acerca de esas interacciones mejora nuestro conocimiento sobre las enfermedades y puede proporcionar las bases para nuevos enfoques de los tratamientos terapéuticos.

Entender la forma en la que interactúan las proteínas y enzimas es un área muy importante a investigar en la bioquímica y en la biología celular. Con base en esto nuevas areas de investigación especializada en el tema han surgido, el estudio del interactoma viene a responder las preguntas que se plantean científicos tras estudiar genomas y proteomas . En otras palabras, el genoma nos indica las posibles proteínas que puede sintetizar un organismo en particular, el proteoma determina las proteínas que son expresadas en un momento concreto bajo condiciones establecidas y el interactoma como interactúan las proteínas para otorgar funcionalidad y sincronización de los múltiples procesos de la célula estudiada.

Miguel Coba
Doctor en medicina universidad autonom...
Escrito por Miguel Coba
el 05/07/2010

Aqui un de interaccion de proteina a proteina

Interacciones proteína-proteína se refiere a la asociación de proteínas y el estudio de esas asociaciones desde las perspectivas de la Bioquímica , transducción de señales y redes de interacción de proteínas.

Las interacciones entre proteínas son importantes en muchos procesos biológicos. Por ejemplo, las interacciones proteína-proteína de las moléculas de señalización median el paso al interior de la célula señales procedentes del exterior. Este proceso, llamado «Transducción de señales», juega un papel fundamental en muchos procesos biológicos y enfermedades (p. Ej. El cáncer ). Las proteínas pueden interactuar durante mucho tiempo para formar parte de un complejo proteínico ; o pueden transportar a otra proteína (por ejemplo, desde el citoplasma al núcleo o viceversa en el caso de las importinas de los poros nucleares), o pueden interactuar brevemente con otra proteína para modificarla (por ejemplo, una proteína kinasa puede fosforilar a una proteína objetivo). Esta modificación de proteínas puede cambiar por sí misma la interacción proteica. Por ejemplo, algunas proteínas con dominios SH2 sólo se unen a proteínas cuando están fosforiladas en el aminoácido tirosina . En definitiva, las interacciones proteína-proteína tienen una importancia capital en prácticamente todos los procesos en una célula viva. La información acerca de esas interacciones mejora nuestro conocimiento sobre las enfermedades y puede proporcionar las bases para nuevos enfoques de los tratamientos terapéuticos.

Entender la forma en la que interactúan las proteínas y enzimas es un área muy importante a investigar en la bioquímica y en la biología celular. Con base en esto nuevas areas de investigación especializada en el tema han surgido, el estudio del interactoma viene a responder las preguntas que se plantean científicos tras estudiar genomas y proteomas . En otras palabras, el genoma nos indica las posibles proteínas que puede sintetizar un organismo en particular, el proteoma determina las proteínas que son expresadas en un momento concreto bajo condiciones establecidas y el interactoma como interactúan las proteínas para otorgar funcionalidad y sincronización de los múltiples procesos de la célula estudiada.

Luis Arturo Ayarza Aguirre
Lic en biologia, msc bioquimic univer...
Escrito por Luis Arturo Ayarza Aguirre
el 27/03/2011

LAS INTERACCIONES DE LAS PROTEÍNAS CONLLEVAN A CAMBOS DE CONFORMACIÓN , PRINCIPALMENTE EN SUS RECEPTORES.