Amigo; es tipico que en construcciones civiles se condense agua en los caños, ya sea cuando se llena el encofrado o por condensacion, lo que puedes hacer y es mas seguro es soplar con un compresor.

Ojo! Que este tenga el separador aire-agua.

He leido tu inquietud, a mi me ha pasado lo mismo! Al realizar una instalación de cableado electrico en un minimarket.
si el agua ha ingresado por los extremos de los tubos de cableado electrico entonces, solo ha quedado depositado en el interior del tubo.

lo primero que debes hacer es cortar el suministro de energia electrica correspondiente al circuito afectado: circuito de fuerza, circuito de luz, etc.

Para retirar el agua del tubo te sugiero lo siguiente:

emplea aire a presion, aplica el aire comprimido a uno de los extremos del tubo entonces, ese aire empujará, hacia el otro extremo del tubo, el agua estancada; asi lograrás que el agua evacué el tubo. Aplica el aire comprimido varias veces hasta ver que por el otro extremo ya no salpica el agua.

¿Cómo obtener aire comprimido? , algunas opciones son un compresor de aire de los que usan para pintar, o los infladores de llantas, o inflador de globos y para los que no tienen esos recursos utilizar con precaución los pulmones (a fuerza de soplidos) emplea alguna manguera a modo de boquilla para comodidad.

Toma tus precauciones, mucha suerte y hasta pronto