No debes regularizar nada de manera expofesa. Si se trata de mercancias o productos caducados es de suponer que su destino sea sacarlos del stock y tirarlos o destruirlos, por lo que su valor pasa a ser nulo.
Al cierre de ejercicio, al desaparecer en el conteo y valoración de las existencias fisicas del inventario de Existencias, a través del asiento de Variación de existencias, su importe pasará a formar parte de lo consumido en la gestión empresarial y afectará en pérdida dentro de la cuenta de explotación.