Los alternadores tienen un funcionamiento sencillo, quiero decir, si compruebas y tiene buena masa, le lleva el voltaje de la bateria al terminal de positivo y tiene el cable de excitacion, el que apaga la luz interior funcionando y una bateria en buen estado, tiene que cargar, si no carga, el alternador esta defectuoso.

Si te funciona unos dias y otros dias no y el alternador ya lo cambiaste y hace lo mismo, tendras un problema en la instalacion. Para hacer una prueba, ponle un cable de negativo, desde el tornillo del alternador hasta el borne negativo de la bateria,  y otro igual desde positivo hasta el de bateria. Asi solo te quedara por comprobar el de excitacion.