Depende qué version tengas. En SAE 2X los impuestos son mas sencillo. En la 3 como sabrás se maneja el Esquema de Impuestos, desde el modulo de Inventarios. Alli defines perfiles de impuestos. Para el caso de El Salvador se pueden usar:

1   Todos los impuestos 0 y solo IVA con 13% (Acmul1)

2   IVBSS  1% (acumulado1)   y el IVA 13% (acuml1)

3  Todos los impuestos a cero   (para Clientes exentos)

Entonces cuando vas a facturar con Retencion, usas el esquema 2 al facturar y usas un FTO como el que te anexo de ejemplo. Si ves, se puede hacer con el campo <281>, para separar la Retención. Luego ya en la Cartera son otros cinco pesos. Te lo dejo, le cambias la extension de TXT a FTO para usarlo.

sae30