HOLA ARACELI. Mire tradicionalmente se le nombra empacho a un alimento que por algun motivo se pega en el intestino (placa de hece pegada al intestino), y en un bebe pues realmente es casi imposible.
Puede ser que el bebe siempre tenga reflujo en un grado 2 o 3 y al momento de cambiarle o de administrarle una nueva leche o formula reaccione de esa manera, si esta muy lloroncito podria ser q tenga una otitis, o sea intolerante a la lactosa o algunas otras enfermedades mas...
Todo lo que le comento son meras suposiciones, y es importante que se descubra cual es el motivo por el cual este vomitando, le recomiendo cambie de medico y visite a un (a) neonatologo (a) la cual le puede ayudar un poco mas por que tienen mas experiencia en casos dificiles o extraños en bebes. Saludos!