Hola,
Si entiendo bien tienes el problema de que contabilizando el pago a la SS no te cuadra lo que les debes con lo que les pagas ¿Verdad?

Yo intentaria hacer el asiento de nomina dejando reflejada la bonificacion que tengas. Esquematicamente, solo para la cuota empresarial:

642
471 a 476

cuando pagas, caso de que vaya todo en el mismo tc:

476 a 57
471

si te devuelven la bonificacion aparte:

57 a 471

Espero haberte ayudado

saludos