La diferencia que existe entre tarjetas madre es basicamente de tecnologia y de marca.

Intel: Son buenas para desarrollos, ejemplo programas como C++, visual en todas las versiones, etc.
AMD: Son excelentes para diseño, ejemplo programas como Suite Adobe, Diseño Grafico, etc.

Ahora veamos las marcas:

ASUS: Lo mejor del mercado, tiene soporte SATA para discos duros, ademas tiene el video aparte es decir necesitas una tarjeta de video independiente a la board y eso es bueno porque tu video se monta en un puerto AGP que trae la board.

MSI: Trabaja con Intel y con AMD, son buenas dentro de las mejores, digamos que estan por debajo de las ASUS pero son buenas.

Hay otras como las ASROK tambien trabajan con Intel y con AMD pero son de menor calidad.

En todo este conjunto lo mas importante es el procesador, porque tienes que comprar tu tarjeta madre afin o compatible con el procesador, me explico, si vas a conseguir una tarjeta madre MSI de Intel, el procesador tiene que ser Intel, no puedes combinar marcas, en otras palabras, las tarjetas madre Intel tienen procesadores Intel que son de dos tipos los de combate como por ejemplo Intel Celeron y los modernos como Intel o Core 2 Duo (doble nucleo). En AMD tambien, los de combate AMD Sempron y los de mas tecnologia AMD Athlon o Phenon (doble nucleo).